На момент знакомство Скобцева уже успела побывать замужем за Алексеем Аджубеем, но брак был мимолетным. Сергей же был женат на Инне Макаровой. Пара познакомилась случайно, встретившись на трамвайной остановке. На протяжении года им довелось пересечься всего три раза, а после состоялась судьбоносная встреча на съемках фильма «Отелло». Именно во время совместной работы Бондарчук понял, что потерял голову и безнадежно влюблен в Ирину.
Между ними завязался бурный роман, но отношения осложнялись тем, что Бондарчук был женат. Пара встречалась четыре года, пока Сергей не развелся с Инной Макаровой. В 1959 году состоялась долгожданная свадьба со Скобцевой.
В счастливом браке на свет появились дочь Лена и сын Федор. Сперва Ирина не бросала карьеру и часто оставляла детей на попечение бабушки, но потом поняла, что семейное счастье для нее важнее. Актриса стала отказываться от ролей, чтобы уделять внимание семье и быть музой мужу. Как говорила Скобцева, они с супругом приняли решение никогда не расставаться.
Впоследствии поддержка жены принесла свои плоды, и Бондарчука ждал оглушительный успех. За фильм «Судьба человека» он получил Ленинскую премию. Картина «Война и мир» была отмечена премиями «Оскар» и «Золотой глобус». Сергей отдавал творчеству все силы, что не могло не сказаться на его здоровье. Ради роли Пьера Безухова ему пришлось поправиться на 100 кг, а во время съемок он испытывал сильнейший стресс.
Роковым для Бондарчука оказался фильм «Тихий Дон». Об экранизации романа Шолохова режиссер мечтал много лет. Помочь снять картину ему обещали итальянские продюсеры, но в итоге они оказались банкротами, а проект заморозили.
Режиссер находился в серьезном нервном напряжении, и это очень сильно ударило по его здоровью. 20 октября 1994 года он ушел из жизни. Причиной смерти стал инфаркт миокарда.
После смерти любимого мужа вдова прожила еще 26 лет. Она не задумывалась о том, чтобы построить новые отношения, находила отдушину в детях. Ирина скончалась в ту же дату, что и супруг – 20 октября, но в 2020 году. Скобцеву похоронили на Новодевичьем кладбище рядом с супругом.