В шестидесятые годы двадцатого века молодой генетик Чарльз (Джеймс МакЭвой) спас Эрика Леншерра (Майкл Фассбендер) от его собственной силы — так познакомились будущие Профессор Ксавьер и Магнето. Телепат и человек-магнит собирают команду людей, обладающих необычными способностями. Все они достаточно юны и еще не умеют справляться со своим даром. Даром или проклятием? Обезьяньи пальцы на ногах или крылья бабочки за спиной — все это вселяет страх в обычных людей и может плохо обернуться для обладателей удивительных способностей.
Мутанты считают себя детьми атома — homo superior, следующим звеном в цепи эволюции. И не все из них безобидны. Могучий злой мутант Себастьян Шоу пытается стравить США и Советский Союз для того, чтобы началась ядерная война. Именно Шоу спровоцировал возникший в это время Карибский кризис. Злодей рассчитывал, что человечество уничтожит себя само, а оставшиеся в живых мутанты построят новую цивилизацию…
В борьбе с Себастьяном Шоу друзья Чарльз (в будущем профессор Ксавьер) и Эрик (Магнето) спасли мир. Но именно тогда и обозначилась идеологическая пропасть между ними, которая привела к вражде… Режиссер Мэттью Вон объясняет психологию героев своего фильма: «Эрик относится к подозрительным людям, а Чарльз думает, что все будет хорошо и что они могут рассчитывать на то, что люди примут мутантов. Эрик отвечает: «Они набросятся на нас и убьют нас». И он прав».